Epigenom Sekanslama
- Anasayfa
- Epigenom Sekanslama
Epigenom Sekanslama
Bir hücrenin tüm genetik materyalini bilmek, onun nasıl çalıştığını anlamaya yetmeyebilir. Çünkü genlerin ne zaman, hangi düzeyde ve hangi hücrede aktif hale geleceğini belirleyen şey yalnızca DNA dizisi değildir. Epigenetik düzenlemeler, genetik bilginin okunma biçimini kontrol eden moleküler imzalardır.
Epigenom sekanslama, bu düzenleyici mekanizmaları çözümlemek için geliştirilmiş bir dizi güçlü teknolojiyi kapsar. DNA metilasyonları, histon modifikasyonları ve RNA-protein etkileşimleri gibi süreçler, artık yüksek çözünürlüklü sekanslama teknikleriyle araştırılabiliyor. LetgenPro, bu yöntemleri farklı biyolojik sorulara uygun şekilde yapılandırarak araştırmacılara sunar.
Gelişim biyolojisinden onkolojiye, immünolojiden çevresel stres yanıtlarına kadar çok sayıda araştırma alanı, epigenetik veriye ihtiyaç duyar. Epigenom analizleri; klasik genetik yaklaşımların açıklamakta yetersiz kaldığı karmaşık biyolojik süreçleri çözmek için artık vazgeçilmezdir.
Whole Genome Bisulphite Sequencing(WGBS)
WGBS, DNA’da yer alan metillenmiş sitozinlerin tüm genom boyunca baz düzeyinde haritalanmasına imkân tanır. Bisülfit işlemi sayesinde metillenmiş ve metillenmemiş bölgeler ayrıştırılır ve ardından kısa okuma sekanslama teknolojisiyle detaylı analiz yapılır.
Bu yöntem; embriyonik gelişim, kanser epigenetiği, yaşlanma, çevresel faktörlerin genetik ifadelere etkisi ve epigenetik yeniden programlama gibi konuları araştıran projeler için idealdir. Ayrıca, gen ekspresyonuyla metilasyon ilişkisini inceleyen çalışmalar için referans verisi sağlar.
WGBS, araştırmacıya genom ölçeğinde çok yönlü bir metilasyon profili sunar. Ancak büyük veri üretimi ve analiz karmaşıklığı, bu yöntemin dikkatle planlanmasını gerektirir. LetgenPro, bu tür projelerde deney tasarımından başlayarak veri analizine kadar her aşamada bütüncül destek sunar. Özellikle metilasyon paternlerinin biyolojik yorumlamaya dönüştürülmesinde derinlemesine analiz yaklaşımları uygulanır.
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS):
RRBS, tüm genom yerine CpG açısından zengin bölgelere odaklanan, daha ekonomik ama anlamlı veri sunan bir metilasyon analiz yöntemidir. Özellikle promotör bölgeler, CpG adaları ve gen regülasyonuyla ilişkili alanlar bu yöntemde önceliklidir.
Bu yöntem; kanser ve normal doku karşılaştırmaları, ilaç tedavisi sonrası epigenetik değişikliklerin takibi, hücre hattı stabilitesi, ve biyobelirteç taramaları gibi uygulamalarda yaygın olarak kullanılır. Veri hacmi düşük, bilgi yoğunluğu yüksektir.
LetgenPro, RRBS projelerinde örnek miktarı, hedef bölge seçimi ve analiz çıktılarının araştırma sorusuyla uyumu gibi kritik teknik kararları sizinle birlikte planlar. Bu yaklaşım, araştırmanın amacına ulaşması için gereksiz veri üretimi yerine odaklı analizler sunar.
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Genlerin açılıp kapanması, yalnızca DNA dizisiyle değil, DNA’nın nasıl paketlendiğiyle de ilişkilidir. ChIP-seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing), histon modifikasyonlarının ve transkripsiyon faktörlerinin genom üzerindeki bağlanma bölgelerini belirleyerek bu süreci ortaya çıkarır.
Bu yöntem; gelişim evreleri, hücre farklılaşması, gen ekspresyonunun epigenetik kontrolü, kanserde gen susturma mekanizmaları, ve hücre tipi spesifik regülasyonlar gibi konuları araştıran projelerde güçlü bir araçtır.
LetgenPro, ChIP-seq analizlerinde deneyin en kritik aşamaları olan antikor validasyonu, immünopresipitasyon verimliliği, kütüphane kalitesi ve gürültü kontrolü gibi adımları dikkatle optimize eder. Analiz çıktıları; bağlanma bölgeleri, motif analizi ve gen anotasyonları ile birlikte sunulur.
RNA Immunoprecipitation Sequencing (RIP-seq)
RNA’ların hücredeki kaderi, yalnızca dizilerine değil, hangi proteinlerle etkileşimde olduklarına da bağlıdır. RIP-seq, RNA’ya bağlanan proteinlerin hedef RNA’larını belirlemeye yönelik bir tekniktir. Bu sayede post-transkripsiyonel regülasyon, RNA stabilitesi, alternatif splicing gibi süreçler moleküler düzeyde anlaşılabilir.
RIP-seq, özellikle RNA-bağlayıcı proteinlerin fonksiyonlarını, nörogelişim süreçlerini, kanserin moleküler temelini veya immün sistem regülasyonunu araştıran projelerde sıkça tercih edilir.
LetgenPro, RIP-seq analizlerinde örnek işleme koşullarından çapraz bağlama optimizasyonuna, immünopresipitasyon protokollerinden analiz akışına kadar deneyimin tüm adımlarında hassasiyetle çalışır. Çıktılar; hedef RNA listeleri, fonksiyonel sınıflandırmalar ve gen–RNA etkileşim haritalarını içerir.
